ハトムギの原産地はインドシナ半島と推定されており、中国では古来、食糧として利用されてきました。ハトムギは後漢（西暦約100～200年）の頃、馬援という人物によって種植されたといわれており、ハトムギの学名のma-yuenの語源にもなっています。当時は、ハトムギをお米のように炊いたり、粉にひいて団子にして食べていたようです。史実に詳しい志田信男氏（東京薬科大学名誉教授）によれば、日本では、江戸時代に小石川薬園において八代将軍・徳川吉宗によって国産奨励されたとする見方が有力となっています。吉宗公は大変先見の明を持った指導者であり、多機能を有するハトムギの良さを国中に広げた立役者とも言えましょう。
また、熊本県八代市では、江戸時代もしくはそれ以前から伝わる伝説のお菓子「よくいにん糖」の復活のために地域住民や専門家が集っています。「よくいにん糖」は、いわゆる「ハトムギおこし」であり、地元のお年寄りは「一度でいいからこれをもう一度食べたい」と言うほどおいしく、懐かしいお菓子です。このように、ハトムギは江戸時代には大変人気の食材であったことがわかります。